《明日战记》讲述了2055年的未来世界，地球因严重污染导致气候突变，幸存者在恶劣环境中艰难求生。一颗巨型陨石坠落地球，带来了名为"潘朵拉"的异种藤蔓。这种植物虽然能吸收雾霾净化空气，却具有极强攻击性并快速蔓延，威胁人类生存。总指挥李升派出以泰来为首的精英部队执行改造计划，但行动中部队遭遇袭击，仅泰来和通讯兵光仔幸存。军官谭冰坚持启动PlanB，指挥官郑重生则找来旧友臭鼬支援。随着苍松博士破解潘朵拉基因图谱，谭冰亲赴前线指挥基因改造任务。若任务失败，人类将被迫使用末日炸弹同归于尽。郑重生率领的B16区部队被谭冰认为装备落后，她更信任机器人部队。然而机器人部队几乎全军覆没，通讯中断导致任务失败。就在众人以为是潘朵拉造成这一切时，一个更大的阴谋逐渐浮出水面。