《相棒剧场版》讲述了东京接连发生针对知名公众人物的连环谋杀案，每个案发现场都留下神秘的字母数字组合。警视厅特命系的杉下右京（水谷丰饰）通过推理发现这些符号源自国际象棋棋谱。其搭档龟山薰（寺胁康文饰）则追踪到一个名为"人民法庭"的网站，该网站列出多名公众人物的罪行并由网民投票决定其生死。随着调查深入，右京发现凶手下一个目标锁定在即将举行的东京国际马拉松大赛。通过电子邮件与凶手展开智力对决的同时，一桩震惊全国的陈年旧案及其背后隐藏的黑暗真相逐渐浮出水面。影片以紧张的棋局式推理展开，在3万选手15万观众的巨型活动现场上演生死时速的终极对决。