《廉政行动2016》讲述了香港廉政公署（ICAC）在接到多宗贪污投诉后，资深调查员带领新入职同事共同维护香港廉洁的故事。新入职的助理调查主任马家仪在培训中表现突出，受到高级调查主任陈国仁的赏识。家仪受哥哥女友区文颖的影响加入廉署，文颖与男友家富感情稳定，期待未来成家。文颖在一次探望阿嬷时，得知区议会补选候选人吴达初涉嫌以利益换取选票，廉署随即展开调查，发现达初巧妙规避法律。家仪结训后被分派任务，国仁与地产经纪女友Wendy因工作忙碌关系生变。Wendy业绩出众但逐渐被金钱蒙蔽，甚至游说国仁转行。国仁从她口中得知地产业的可疑交易，提醒她勿同流合污。国仁与文颖联手调查钟表集团贪污案，最终将涉案者绳之以法。廉署再接案件，商人林浩涉嫌贿赂银行高层曹敬鸿获取贷款，总调查主任包兆聪率队历经曲折调查，成功起诉主要涉案人。与此同时，首席调查主任关沛霖积劳成疾，确诊胃癌，幸得老友高永康支持度过难关。永康在沛霖治疗期间接手烟草公司走私案，派程佩珊担任卧底。佩珊发现怀孕仍坚持任务，永康与国仁冒险取证。国仁调查地产诈骗案时，发现女友Wendy涉案，随即被调职处理上市公司诈骗案。名流岑紫莹使用假认股权证欺诈获利，廉署经过艰难取证最终将其定罪。案件落幕，廉署喜讯频传：国仁晋升总调查主任，佩珊平安产子，家富开发的网络游戏成功推出，与文颖共谐连理。