公元16世纪末，明朝锦衣卫陈九与丁一奉命护送使团前往日本伏见城宣读国书。不料国书被盗，使团遭袭，随行的公主被囚禁。二人与侠盗石川小夜子联手逃脱，却因是否继续营救公主产生分歧。陈九坚持营救，独闯太阁府，揭露松本秀次的阴谋。公主感念小夜子救命之恩，要求二人营救她。陈九与丁一克服分歧，合力救出小夜子，但陈九不幸中毒。老尼姑为救三人牺牲。秀吉大肆屠村，抓住公主逼迫二人。为救公主并报仇，陈九与小夜子率村民正面攻打伏见城，丁一则潜入太阁府救出公主。秀次追击，丁一中箭，沈维举为掩护二人点燃子母雷。陈九与小夜子重伤秀吉，取得胜利。然而日本国宝和氏璧失踪，秀吉派兵追杀三人。三人登上归国航船，迎接他们的将是新一轮的血雨腥风。