《机动奥特曼 第二季 普通话版》讲述了奥特曼之子进次郎与玲奈在一次大规模地球人消失事件中被外星人传送至卫星轨道的飞船上。自由记者光太郎因调查此事知晓过多真相而惨遭灭口，却在神秘力量的帮助下复活并化身为超人。与此同时，外星恐怖组织“黑暗之星”向地球发出威胁，企图摧毁人类文明。进次郎与玲奈在飞船上结识了其他被绑架的地球人，他们决定联合起来对抗外星敌人。复生的光太郎也加入战斗，与奥特曼之子并肩作战。面对强大的外星科技和未知的阴谋，他们必须揭开“消失事件”背后的真相，同时保护地球免受“黑暗之星”的侵袭。在危机四伏的宇宙中，一场关乎人类存亡的史诗级战斗就此展开。