《欢迎来到加帕里公园 第三季》继续讲述了坐落在这个世界某个角落的超大型综合动物园「加帕里公园」的故事。依靠神秘物质「砂之星」的力量，动物们变成了人类的模样，被称为「兽娘」，来访的人们亲切地称她们为「朋友」。在热闹的公园中，大家享受着梦幻般的时光。然而，在公园顺利开业之前，一场巨大的危机悄然降临。本季讲述了跨越危机的朋友们与「园长」的冒险故事。担任公园向导的未来小姐和曾经参与冒险的薮猫一行，将这段经历记录下来。救公园于危机之中的众多朋友和「园长」的身影也被捕捉在乱哄哄的视频记录中，等待着观众一同见证这段充满挑战与友情的旅程。