《鲸之歌》的故事發生在被砂海覆蓋的世界中，一群人生活在名為「泥鯨」的漂泊船上。這座與外界完全隔離的小島上共有513人，分為擁有超能力「情念動」但壽命較短的「印」族，以及沒有超能力卻壽命較長的「無印」族。島上的記錄員查克洛是「印」族的一員，某天他在調查一艘漂流到「泥鯨」的廢墟船時，遇見了神秘少女莉可斯。這次相遇是島上人第一次與外界接觸，引發了一連串的變故。隨著莉可斯的出現，島上的平靜被打破，查克洛和其他居民開始探索外界，並逐漸揭開世界的真相。這次接觸究竟是帶來新希望的福音，還是災難的開端，成為故事的核心懸念。