《假面骑士 平成世代 吃豆人博士对战艾克赛德与灵骑以及传奇骑士》讲述了身份不明的游戏病毒生命体来袭，人类陷入前所未有的危机。天空寺尊（假面骑士灵骑）感染病毒后失去了变身能力，而宝生永梦（假面骑士艾克赛德）则在追查敌人的真面目及感染源时，发现这与他的命运有着重大关联。与此同时，常磐庄吾与桐生战兔的世界发生异变，同伴们的记忆逐渐消失，神秘的Super Time Jaker·Tid现身并操纵了战兔。为了拯救少年幸吾并解开谜团，庄吾结识了热爱假面骑士的青年·充，并得知“假面骑士在现实中不存在”的惊人真相。两人追踪Tid的踪迹，来到初代平成骑士的诞生地·九郎岳遗迹，展开了一场跨越时空的战斗，试图找回失去的记忆与身份，拯救被病毒侵蚀的世界。