《星河战队：入侵》讲述了地球联邦军队在某小行星上的基地遭到虫子军团的袭击，强袭舰雅丽莎号的官兵奉命前往营救幸存者。抵达基地后，他们发现这里已是一片废墟。超能力战略官员卡尔·詹金斯强行夺取了战列舰约翰·A·沃顿号的指挥权，并带着神秘使命先行离开，而战列舰的舰长强尼·瑞克的旧相识卡门则被困在基地内。在基地即将爆炸的关键时刻，雅丽莎号的士兵成功救出了卡门以及K12小队的少数幸存者，其中包括因反抗詹金斯命令而被囚禁的原K12小队队长亨利。这群幸存者必须设法找到失踪的战列舰约翰·A·沃顿号，揭开背后的真相。