《灵异侦探社》讲述了一家国际知名的侦探社接手一起离奇案件的故事。一家神秘工厂深夜发生员工惨死事件，传言是异兽所为，案件变得扑朔迷离。侦探社社长何生带领团队介入调查，却被一系列假线索误导，将嫌疑锁定在厂长身上。厂长在关键时刻自杀，案件更加复杂，其女儿光子将何生告上法庭，侦探社陷入信誉危机。随着调查深入，保镖风泽和电脑高手小弥发现厂长死于谋杀，并将目标锁定在工厂技术顾问长谷川身上。长谷川的真实身份是日本通缉犯，与流浪汉失踪案有关。光子放下偏见，与何生合作追查真相。他们发现工厂实际上是大型生物实验室，与国际组织有关联，异兽杀人的谜底逐渐揭开。然而，长谷川突然叛变，指出幕后主使另有其人，案件背后隐藏着更大的阴谋。