《国家机密 第二部》延续国家安全题材，讲述特勤组长林毅（谷智鑫饰）与情报分析师周悦（李悦溪饰）联手侦破境外间谍组织的故事。当新型军工技术机密遭窃，两人追踪线索发现潜伏多年的"影子"间谍网。行动中既要应对境外特工的连环杀局，又需甄别内部疑似叛变的工程师（于恒饰）。随着调查深入，幕后黑手逐渐指向某国情报高官（鲍国安饰）。在温峥嵘饰演的局长坐镇指挥下，专案组通过数据战、心理博弈与生死追击，最终在边境线截获传输中的核心数据，彻底粉碎敌人窃取航天机密的"猎鹰计划"。全剧以无人机对决和高铁反劫持等名场面，展现新时代国安战士的智勇本色。