地球联合宇宙局发现外太空存在一个神秘的X星球，因其发射的异常电波而被探测到。为了查明真相，宇宙局派出太空船D1前往调查。太空人富士和古连抵达X星球后，意外地受到了当地居民的热烈欢迎。X星球的居民向他们解释，他们的星球正遭受王者基多拉的肆虐，急需借助哥斯拉和拉顿的力量来对抗这个可怕的怪兽。富士和古连决定协助X星球，并设法将哥斯拉和拉顿带到X星球。然而，随着战斗的深入，他们逐渐发现这场危机的背后隐藏着更大的阴谋，而哥斯拉和拉顿的到来或许只是揭开真相的第一步。为了拯救X星球，富士和古连必须与哥斯拉并肩作战，共同面对前所未有的挑战。