在《高斯奥特曼VS杰斯提斯奥特曼 最终决战》中，宇宙开发中心上空突然出现神秘飞船，一名女子带来毁灭性警告。两只凶暴怪兽袭击城市，高斯奥特曼陷入苦战，幸得青年武藏融合变身增强力量。正当局势稍缓，杰斯提斯奥特曼意外现身阻挠高斯，导致二人惨败。幕后黑手竟是自称"宇宙秩序维护者"的神秘势力，意图清除地球文明。当全人类陷入绝望时，武藏的伙伴们坚信光明未灭。随着地球防卫军全力反击，濒死的高斯与武藏在众人信念中觉醒，与杰斯提斯展开终极对决，揭露飞船背后隐藏的宇宙级阴谋。这场超越善恶之辨的战斗，将决定地球存亡与宇宙未来的走向。