《名侦探柯南剧场版 绀碧之灵柩 普通话版》讲述了柯南与小五郎一行人来到太平洋上的美丽小岛“神海岛”度假。这座岛屿流传着关于沉没于海底的古代遗迹“海底宫殿”以及300年前两名女海盗留下的宝藏传说。小兰和园子在“海底宫殿”附近潜水时，意外遇到一群寻找宝藏的猎人，其中一人突然遭到鲨鱼攻击身亡。与此同时，传奇大盗鲁邦三世和他的伙伴们以怪盗基德之名挑战日本警察和柯南，高调宣布要盗取稀世珍宝樱桃蓝宝石。国际刑警组织钱形幸一警部与日本警视厅联手，决心阻止鲁邦的阴谋。与此同时，意大利偶像歌手艾米里翁·瓦力迪赴日开演唱会，却收到恐吓信。在充满紧张气氛的演唱会会场，一场前所未有的对决即将展开。