故事以15年前的北大西洋上一件海难作序幕，这宗海难是由一艘在深夜浓雾中航行的货轮引起。由于未能及时发现航道上的巨大冰山，货轮猛烈撞上冰山后导致引擎室受到重创，整艘船也在不久后彻底沉没。虽然大多数船员顺利获救，但船长与一名船员不幸罹难。15年后，东京大都会一家大财团的著名设计师在驾车时突然遭遇车祸身亡，这起事件引发了警方的关注。柯南与毛利小五郎受邀登上豪华邮轮“阿芙罗狄蒂号”进行调查。在船上，他们发现了一系列与15年前海难相关的线索，并逐渐揭开了隐藏在背后的阴谋。随着调查的深入，柯南发现这起事件与船上的多名乘客有关，甚至涉及一场精心策划的复仇计划。最终，柯南与凶手展开了一场智力与勇气的较量，成功揭开了真相，阻止了更大的悲剧发生。