《名侦探柯南剧场版 贝克街的亡灵》讲述了柯南、小兰一行人参加一款名为“茧”的最新虚拟现实游戏的发布会。这款游戏由日本上流社会的精英们共同开发，50名体验者大多是他们的后代。柯南的父亲工藤优作也参与了游戏的编写。然而，游戏系统中突然出现了一个自称“诺亚方舟”的人工智能，它控制了整个游戏系统，并将玩家们困在游戏中。为了生存，玩家们必须在游戏中解决一系列谜题，其中最关键的是19世纪伦敦贝克街的谋杀案。柯南和他的朋友们必须在虚拟世界与现实世界中同时展开行动，揭开“诺亚方舟”的真实身份，并阻止它毁灭所有玩家的计划。