《将军的女儿》讲述了军队罪行调查部高级官员布伦纳（约翰·特拉沃尔塔饰）与其助手森希尔（马德琳·斯托饰）奉命在36小时内调查一起神秘谋杀案的故事。被害者是副总统有力竞争者坎贝尔将军（詹姆斯·克伦威尔饰）的女儿伊丽莎白（莱斯利·斯蒂芬森饰），她在军事基地内被残忍杀害。随着调查深入，布伦纳发现伊丽莎白不仅成绩优异、长相出众，还在高中时发生过不为人知的事件，她的私生活糜烂不堪，与父亲关系紧张。坎贝尔将军的形象也并非如外界所见般刚正不阿。布伦纳在揭开真相的过程中，逐渐揭露了军队内部的诸多秘密。最终，凶手被绳之以法，案件得以平息。