《沉默的本能》讲述了一位人类学家伊森·鲍威尔的故事。他曾长期在非洲研究大猩猩，甚至与它们共同生活，逐渐被它们简单纯朴的生活方式所吸引。然而，一次目睹盗猎者残酷杀害大猩猩的事件，激怒了鲍威尔，他在愤怒中杀死了两名盗猎者，随后失踪两年。当他再度出现时，已被视为危险分子并因杀人罪被捕。年轻的心理学家卡尔特对此案产生浓厚兴趣，试图揭开鲍威尔的精神异常之谜，并引导他讲述失踪与杀人的真相。两人在监狱中展开了一场心理较量，卡尔特逐渐发现鲍威尔内心深处隐藏着一段关于人类残酷本性的悲剧经历。鲍威尔对大自然的珍惜与对生命的尊重，使卡尔特开始反思平等与自由对生命的意义。