资深特工伊森·亨特在执行最新任务时，意外遭到神秘组织“辛迪加”的暗算，落入对方手中。辛迪加是由全球各地前特工组成的秘密组织，此前一直被CIA视为不存在。在辛迪加成员伊尔莎·福斯特的帮助下，伊森成功逃脱，并向IMF负责人威廉·布莱德汇报了辛迪加的确切存在。与此同时，布莱德因IMF卷入俄罗斯核弹头事件而面临CIA的指控，机构面临解散危机。伊森得知辛迪加计划刺杀奥地利总统后，联系老搭档班吉·邓恩展开行动，并与伊尔莎再度相遇。随着一系列事件的展开，辛迪加的真实面目逐渐浮出水面，他们的最终目的也终于显露。伊森必须在时间紧迫的情况下阻止这场阴谋，同时拯救IMF的命运。