《生化危机3：灭绝》讲述了爱丽丝被保护伞公司实验室复制，成为伊萨克博士的研究标本。由于她体内的DNA能对抗T病毒，博士试图利用她提升丧尸的杀伤力。爱丽丝接到人类的求救信号，却陷入陷阱，经过一番激战后成功自救。然而，她在睡梦中感受到体内强大力量的召唤，意识到实验室对她进行了改造。伊萨克博士还将人类血液注入丧尸，激活其心智，使丧尸变得更强大且无法控制，甚至杀害了实验室助手。三年后，地球变得荒芜，内华达州的幸存者结成同盟，爱丽丝隐藏其中，因实验室赋予的超能力而被迫成为间谍。她孤立无援，只有卡洛斯理解她的困境，二人因此陷入暧昧关系。最终，爱丽丝必须面对强大的敌人，拯救幸存者并揭露保护伞公司的阴谋。