《秦时明月6沧海横流》延续前作史诗脉络，以秦帝国高压统治下暗潮汹涌的江湖为舞台。荆天明、高月与项少羽三位少年在反秦联盟遭遇重创后，被迫隐匿于市井与山林。随着焚书坑儒事件爆发，诸子百家学说遭受毁灭性打击，墨家机关城陷落，儒家小圣贤庄危在旦夕。与此同时，秦始皇派遣阴阳家掌控的蜃楼巨舰东渡寻仙，背后却隐藏着惊世阴谋。少年们在与流沙组织周旋中逐渐揭开苍龙七宿的秘密，楚国项氏一族暗中集结抗秦力量，墨家新任巨子带领残部实施"青龙计划"。当友情遭遇立场考验，当个人命运与天下苍生交织，三位少年在沧海横流的乱世中，终将作出震撼历史的抉择。