《奇门相术》讲述了神秘客“十三”在不同时代背景下为民除害的三个故事。第一个故事发生在唐朝，鳐县人因嗜食野味而招致恶物盘踞，十三挺身而出，为百姓除妖解难，保一方平安。第二个故事发生在明朝，某富家小少爷挥霍任性，糟蹋农田，引发民怨，十三再度现身，平息民愤，化解天怒。第三个故事发生在民国，富豪杨老板重男轻女，溺爱幼子，女儿为博父母疼爱谎称可见鬼魅，最终酿成大祸，十三途经小城，洞悉真相，为杨老板一家化解心结，平息全城骚乱。影片通过三个独立的故事，展现了十三在不同时代背景下运用奇门相术为民解困的传奇经历。