《变蝇人2》是1986年《变蝇人》的续集，讲述维尼卡生下赛斯的孩子后因惊吓过度去世的故事。当局的科研机构巴托工业园收养了这个孩子马丁·布朗多，由巴托工业的老总巴托先生抚养。表面上，巴托先生视马丁如己出，实则将他作为研究对象，暗中用摄像机记录他的一切，并让他研究父亲生前发明的时空传送装置。马丁外表帅气，无异于常人，但拥有惊人的生长速度和超人的天赋。不久，他与美丽的贝斯·洛根坠入爱河。然而，马丁体内的变异染色体逐渐苏醒，他开始面临变成“苍蝇人”的恐怖命运。影片通过马丁的挣扎，展现了人性与科技的冲突，以及人类在面对基因突变时的恐惧与无助。