《绀碧之棺》是《名侦探柯南》剧场版第十一部，讲述了柯南一行人来到太平洋上的美丽小岛“神海岛”度假的故事。这座岛屿流传着关于沉没于海底的古代遗迹“海底宫殿”以及300年前两名女海盗遗留的宝藏传说。小兰和园子在“海底宫殿”附近潜水时，意外遇到一群寻找宝物的猎人，其中一人突然遭鲨鱼攻击身亡。柯南察觉到猎人之死与宝藏传说有关，便与灰原一起展开调查。他发现了一组神秘名词“Jolly Roger（海盗旗）”，并逐渐接近真相。然而，猎人突然现身，偷走了发现的宝藏，并将小兰和园子挟持为人质，她们的性命危在旦夕。柯南决心解开隐藏于传说中的讯息，揭穿“海底宫殿”的秘密，穿越300年时光的暗号，拯救同伴并揭开谜题。