柯南、灰原及少年侦探团成员步美、光彦、元太随博士露营后，绕道参观了西多摩市新建的日本第一双塔摩天大楼。毛利小五郎应双塔所有者常盘美绪之邀，携小兰、园子参加开幕典礼。在美绪介绍下，他们认识了画师如月峰水、市议员大木岩松、双塔设计者风间英彦及天才程序员原。期间，灰原的举动异常。大木提前入住B塔后被害，目暮警官调查发现他与美绪有不同寻常的关系。不久，原也在家中被害。两起案件现场都留有与日本画画师作画时所用的小酒杯碎片。柯南联想到黑暗组织，并注意到第二起案件中的碎片未沾染血迹。同时，他发现灰原正被人追踪。园子的发式令她像极了雪莉。开幕酒会上，美绪展示如月最为宝贵的富士山画作时被杀，死相如富士山正中的双塔缩影图，她身下有一个完好的小酒杯。柯南将目光转向如月。随后，A楼美绪公司电脑档案所在的楼层及地下配电室发生爆炸。逃亡时，柯南注意到一支枪正瞄准园子，心中有了所有疑问的答案，但他及小兰等人最迫切需要解决的是如何从火海中逃脱。