某个漆黑的夜晚，一名间谍悄然潜入日本警方某机构，盗走了记载着各国谍报机构重要数据的绝密文件。日本警方和FBI探员赤井秀一随即展开追捕，间谍在逃亡过程中车辆坠落悬崖。第二天，柯南和伙伴们来到东都水族馆观光，意外发现一名受伤的美丽女子。该女子处于失忆状态，身上的手机也已损坏。柯南等人决定帮助她恢复记忆。然而，黑衣组织成员贝尔摩得在暗处冷冷注视着这一切。随着时间的推移，女子非凡的身手和奇怪的言行举止引起了灰原哀的怀疑。水族馆内的人们沉浸在欢乐中，却浑然不知自己即将被卷入黑暗组织的杀戮与混乱之中。一场惊心动魄的对决即将展开……