《X战警3：背水一战》讲述了变种人世界面临的一场重大危机。琴的死亡对X战警成员造成了深远影响，斯科特和金刚狼罗根陷入失落。学院的教学任务由暴风女和金刚狼等人接手，变种人在这里才能找到身份认同。然而，一家公司从一名变种人儿童的基因中提取出了能够消除变种能力的“解药”，这一发现引发了变种人群体的强烈反应。万磁王集结不愿放弃能力的变种人，试图以暴力对抗人类社会的压迫。与此同时，金刚狼等人发现琴并未真正死去，她的第二重人格觉醒并拥有毁灭性的力量。X教授和万磁王都试图争取琴的支持，而她成为了决定变种人命运的关键人物。一场关乎变种人未来的决战即将展开。