《花旗少林》讲述美籍华人张正(周润发饰)为美国中央情报局工作,受命前往中国护送一件宝物回国。起初他犹豫不决,但在好友和舅父的鼓励下,他踏上了前往中国的旅程。抵达后,他被接头人唐伶(秦汉饰)带到少林寺等待指示。在少林寺期间,张正结识了方丈空智大师、七岁小和尚清淳以及一位来自美国的洋人和尚。由于文化差异,张正与寺内僧人时常发生冲突,但也带来不少欢笑。后来,张正发现所谓的宝物竟是一位身怀特异功能的少女小菁(吴倩莲饰)。为了保护小菁,他揭发了一场惊天阴谋,并因此遭到追杀。在逃亡过程中,张正与小菁逐渐产生了感情,两人跨越文化障碍,携手共度难关。