《花旗少林》讲述美籍华人张正（周润发饰）为美国中央情报局工作，受命前往中国护送一件宝物回国。起初他犹豫不决，但在好友和舅父的鼓励下，他踏上了前往中国的旅程。抵达后，他被接头人唐伶（秦汉饰）带到少林寺等待指示。在少林寺期间，张正结识了方丈空智大师、七岁小和尚清淳以及一位来自美国的洋人和尚。由于文化差异，张正与寺内僧人时常发生冲突，但也带来不少欢笑。后来，张正发现所谓的宝物竟是一位身怀特异功能的少女小菁（吴倩莲饰）。为了保护小菁，他揭发了一场惊天阴谋，并因此遭到追杀。在逃亡过程中，张正与小菁逐渐产生了感情，两人跨越文化障碍，携手共度难关。