经历第一集的腥风血雨之后，伯恩（马特·达蒙饰）与女友玛丽·克鲁兹化名隐居在一个偏僻的海滨小镇，试图远离过去的阴影。然而，平静的生活并未持续太久。一起国际政治刺杀事件引发CIA重新调查伯恩的档案，刺杀现场的证据直指他的名字“杰森·伯恩”，这正是他在CIA的化名。与此同时，秘密组织的杀手也悄然潜入小镇，威胁着伯恩和玛丽的安全。为了保护爱人，伯恩不得不再次面对过去的追杀。CIA特工四处搜寻他的踪迹，曾经的盟友尼科莱特也陷入困境。为了洗刷自己和尼科莱特的清白，伯恩孤身踏上寻找真相的旅程，揭开冒充者的阴谋，同时躲避各方势力的围追堵截。