21世纪末，人类的科技水平已高度发达，克隆人技术和宇宙航行早已实现。科学家伊丽莎白·肖和查理·赫洛维通过对古老文明的考察，推测人类可能是来自遥远星系的外星人创造的。在维兰德公司的资助下，他们乘坐宇宙飞船“普罗米修斯号”前往未知星球。抵达后，他们发现了一个巨大的外星建筑，并在其中找到了与人类DNA相似的外星生命体。然而，他们的探索逐渐失控，唤醒了沉睡的外星生物，这些生物对人类充满敌意。随着探险队成员相继遇害，伊丽莎白和幸存者们意识到，他们不仅揭开了人类的起源之谜，也打开了潘多拉的盒子，将自己推向了毁灭的边缘。