《特殊身份》讲述香港警方卧底陈子龙（甄子丹饰）潜入黑社会，搜集头目“熊”（邹兆龙饰）的犯罪证据。陈子龙厌倦了这种危险的生活，渴望恢复自由。然而，熊的组织接连被警方打击，怀疑内部有卧底，开始对可疑手下展开清洗。陈子龙担心身份暴露，急于联系上司张Sir（郑中基饰），但张Sir认为这是彻底瓦解熊的组织的绝佳机会，要求陈子龙继续任务。陈子龙被迫陪同组织内的高手Sunny（安志杰饰）前往中国内地调查他们在海南岛的犯罪活动。在内地，陈子龙与Sunny遭到神秘刺客“剑锋”（张涵予饰）的追杀，陷入极度危险的境地，生死难料。