《水男孩》講述了一群高中男生追求水上芭蕾夢想的青春故事。進騰勘九郎是一位普通的高中男生，但他對男子水上芭蕾懷有極大的熱情，這份熱情源自兩年前五位唯野高中男生的精彩表演，顛覆了人們對水上芭蕾只有女生才能表演的印象。然而，當進騰開始埋頭苦練時，卻傳來教委會要求停止活動的消息，游泳池也即將被拆除，隊員們紛紛離開。儘管如此，進騰從未覺得男子水上芭蕾是一件丟臉的事。他與轉學來的森山未來一起努力，試圖感化身邊的人，包括學生會會長田中、大塊頭暴力男石原等五人。他們日夜訓練，但現實似乎並不因夢想而改變，游泳池的拆除已成定局。這群少年在逆境中堅持自我，展現了青春無畏的拼搏精神。