《宝贝老板2》的故事发生在首部多年之后，邓普顿兄弟蒂姆和泰德已经长大成人，但两人的关系逐渐疏远。蒂姆已婚并育有两个孩子，他和妻子卡罗尔以及异常聪慧的7岁女儿塔比莎、刚出生的可爱婴儿蒂娜住在郊区。泰德则是一家对冲基金的首席执行官，事业有成。蒂姆担心塔比莎过于用功，无法享受正常的童年，而塔比莎将叔叔泰德视为偶像，渴望成为像他那样的人。然而，当蒂娜作为宝贝集团最高机密特工的身份曝光，她的任务是揭开塔比莎学校及其神秘创始人阿姆斯特朗博士背后的黑暗秘密时，邓普顿兄弟被迫重新联手。两人在冒险中重新审视家庭的意义，明白了什么才是最重要的，并最终修复了彼此的关系。