《银河奥特曼S》是《银河奥特曼》的续作，故事发生在两年后的世界。为了保护地球免受新的超常现象威胁，新成立的特搜队UPG（Ultra Party Guardians）应运而生。地底居民维克特利人守护着神秘的能量水晶体——维克特利水晶，而切布尔星人艾克塞拉和他的手下智能机器人10则企图夺取这些水晶以达成他们的邪恶目的。银河奥特曼与维克特利奥特曼联手，共同对抗强大的敌人。在此过程中，银河奥特曼解锁了全新的斯特利姆形态，展现出更强大的力量。面对接踵而至的危机，两位奥特曼与UPG队员们并肩作战，守护地球的和平与人类的未来。