《奥特银河大怪兽之战无尽的圣战》讲述了宇宙开拓时代的人类组成了战斗组织ZAP SPACY，为开采宇宙行星资源提供支援。故事围绕ZAP SPACY的宇宙运输船船员展开，他们因波利斯行星的定期联络突然中断而改变航行计划，前往宇宙边境行星波利斯。到达波利斯后，船员们发现行星已被荒废，正当他们准备调查时，巨大的怪兽出现在他们面前。这些怪兽曾在地球上出现，但被认为早已灭绝。与此同时，一名能驾驭怪兽的青年雷现身，他的身份成谜。船员们被卷入了一场激烈的战斗，面对未知的敌人和神秘的雷，他们将揭开波利斯行星背后的真相。