在《奇趣特工队之超时空奇兵》第三季中，凯奇、闪电猫、艾尔和嘟嘟公主继续守护小镇的和平。某天，来自未来的少女青青突然出现，警告他们未来世界的反派柠檬博士正试图穿越时空篡改历史关键节点。为了阻止这场危机，特工队化身超时空奇兵，驾驶时空飞船前往不同时代。他们与历史上的伟人合作，在古埃及金字塔、文艺复兴时期的欧洲等多个时空展开冒险，一次次挫败柠檬博士的阴谋。然而当任务接近尾声时，青青却被未来特工以"扰乱时空"罪名通缉，迫使小队面临新的抉择——是继续修正历史，还是拯救同伴？这场跨越时空的正义之战将考验特工队的智慧与勇气。