《使徒行者2：谍影行动》讲述警司程滔（张家辉饰）在调查一起涉及暗网黑警信息的案件时陷入危机。为保护关键证据，程滔与师父叶志帆产生冲突，更导致其兄弟井进贤（古天乐饰）反目成仇。随着调查深入，警界内部敌友难辨，一个潜伏多年的恐怖组织逐渐浮出水面。尘封的童年记忆被揭开，原来程滔与井进贤竟是30年前失散的兄弟，两人因这桩罪案重逢却身处对立阵营。当恐怖组织的惊天阴谋即将得逞时，兄弟二人必须在信任与背叛间作出抉择，联手对抗幕后黑手。影片通过紧凑的枪战追逐与心理博弈，展现了一段关于兄弟情义与正义抉择的警匪故事。