《妹子与科学第一季动态漫画》讲述了普通大学生林默意外穿越到异世界，却发现自己被认定为救世主的故事。初到异界的他遇到了青梅竹马苏小暖，两人却被神秘美少女科学家艾莉卡捕获。艾莉卡声称林默体内蕴藏着改变世界的力量，强制他配合进行各种离谱的科学实验。在这个等级分明的异世界中，林默的基础数值仅有Lv.1，连城门口的怪物都比他强大。面对重重挑战，他必须与两位性格迥异的少女搭档，一边躲避艾莉卡疯狂的实验，一边探索自己作为"救世主"的真正使命。故事融合了科幻元素与热血冒险，展现了主角在科学与魔法交织的异世界中不断成长的历程。