《你好世界动漫版》讲述了内向的高中生坚书直实在京都平淡的生活中，突然遇见了从10年后穿越而来的26岁自己。未来的直实透露，他不久后将与同学一行瑠璃相恋，但瑠璃会在烟花大会上因意外离世。为了改变这个悲剧，16岁的直实开始与未来的自己合作，试图扭转命运。随着计划推进，他们发现这个世界背后隐藏着更大的秘密——整个京都竟是数据构成的虚拟世界。两个直实必须在现实与虚拟的夹缝中做出抉择，既要拯救瑠璃的生命，又要解开这个世界的真相。故事在科幻设定下展开了一段跨越时空的青春恋爱物语，探讨了记忆、存在与牺牲的意义。