小智来自真新镇，梦想成为宝可梦大师。在开始训练师旅程的那天，他因为迟到，错过了领取初始宝可梦的机会。大木博士见状，将一只不愿进精灵球且性格调皮的皮卡丘交给了他。小智与皮卡丘开始了他们的冒险旅程。旅途中，他们遇到了各种挑战和伙伴，逐渐建立了深厚的友谊。与此同时，超梦和复制的宝可梦在一处净土上过着平静的生活。然而，阪木发现了超梦的存在，并暗中策划着不为人知的秘密计划。小智一行人不幸被卷入其中，最终引发了一场关乎超梦和复制宝可梦命运的激烈战斗。在这场战斗中，小智和他的伙伴们全力以赴，展现了勇气与智慧。