怪奇現象調查組織SSP成員某天收到了來自艾克斯奧特曼的變身器艾克斯終端。有雨落入了敵人的陷阱，特殊防衛隊Xio的隊員大空大地被迫與艾克斯奧特曼解除了一體化的聯繫。在此之後，大地下落不明，艾克斯奧特曼只得拜託SSP和紅凱尋找大地。另一方面，時刻企圖將美麗的東西變成寶石據為己有的邪惡外星女魔頭穆魯娜奧，正打算把地球變成寶石。與此同時，暗黑軍團伽古拉也蠢蠢欲動。地球面臨最大的危機。SSP、紅凱和艾克斯奧特曼必須聯手，阻止穆魯娜奧和伽古拉的陰謀，拯救地球與大地的命運。他們能否成功？一場關乎地球存亡的戰鬥就此展開。