在《拳皇命运国语版》中，1800年前由人类恶念凝聚而成的怪物八歧大蛇肆虐人间，最终被草薙家族为首的武术家们用三神器封印。时光流转至现代，世界综合格斗大赛"THE KING OF FIGHTERS"（KOF）在南镇召开，全球顶尖格斗高手齐聚于此。草薙家族传人草薙京参赛后，敏锐察觉到封印的大蛇之力正在复苏。随着赛事推进，京与八神庵、不知火舞等格斗家逐渐卷入这场关乎人类命运的危机，他们必须再度联手，阻止八歧大蛇毁灭世界的阴谋。故事以热血格斗为主线，穿插各角色间的恩怨情仇，展开了一场跨越千年的正邪对决。