《奥特银河大怪兽之战》讲述了人类进入宇宙开拓时代后，组成了名为[ZAP SPACY]的战斗组织，专门为开采宇宙行星资源提供支援。故事的主角是[ZAP SPACY]的宇宙运输船船员们，他们原本的航行计划被更改，驶向了宇宙边境行星波利斯，原因是来自波利斯的定期联络突然中断，原因不明。到达波利斯后，四名队员发现行星已被荒废，正准备调查时，突然出现了巨大的怪兽身影。这些怪兽曾在地球出现过，但大多数人认为它们早已灭绝。与此同时，一位能驾驭怪兽的青年——零（レイ）出现了，他的身份成谜。一场激烈的战斗即将展开，船员们将面对未知的威胁与挑战。