在日本，被称为“祸威兽”的巨大不明生物接连出现，已成为常态，常规武器对其完全无效。面对这一威胁，日本政府启动了“祸威兽特别应对协议”，并组建了专门执行部队——祸威兽特设对策室（简称“祸特对”）。祸特对的成员包括队长田村君男、作战策划担当神永新二以及非粒子物理学家浅见弘子。弘子与新二搭档，负责应对这些巨人。在一次任务中，他们发现了一个名为“奥特曼”的神秘巨人，其真实身份不明。随着调查深入，祸特对成员逐渐揭开了奥特曼与祸威兽之间的秘密，并试图找到拯救地球的方法。然而，面对未知的敌人与巨大的威胁，他们必须在时间耗尽前找到解决方案。