《双子神偷》讲述吉祥（洪金宝饰）和刘曦（吴京饰）护送“贡佛天珠”来港途中，被四名武功高强的神秘人抢走。令人惊讶的是，这四人面貌竟如同两人出现，原来是孪生兄弟，他们属于早已销声匿迹的“双子门”。为了找回天珠，刘曦找来昔日“双子门”的校长常忠（元华饰）及其学生协助，其中包括马戏团中的双胞胎姐妹珍珠（蔡卓妍饰）和宝珠（钟欣潼饰）。他们很快查得天珠下落，却遭遇死敌袭击，天珠再次落入邪恶的“双子门”手中。原来，常忠的双生弟弟常勇利用天珠骗取女富商李瑶（张茜饰）的信任。珍珠、宝珠等人不惜身陷险境，最终成功救回李瑶的妹妹Happy，并险些夺回天珠。影片展现了正邪对决的紧张刺激，以及“双子门”奇门武术的独特魅力。