《噬魂师》讲述了死神武器职业专门学校“死武专”中三组少男少女的成长与冒险故事。学校的学生分为“工匠”与“武器”，他们共同的目标是收集99个鬼神的灵魂与1个魔女的灵魂，使“武器”进化为最强的死神武器“DEATH SCYTHE”。镰刀“工匠”玛嘉与她的“武器”SOUL、暗器“工匠”BLACK STAR与他的“武器”务椿、以及死神之子死神·德·基德与他的武器双枪姐妹，这三组伙伴在追求最强“工匠”的过程中，经历了无数艰险的试炼。然而，背后隐藏着更大的危机：神秘的魔女美杜莎心怀不轨，而死神大人寸步不离“死武专”的举动也似乎在掩盖某个天大的秘密。随着故事的发展，三组伙伴在成长的同时，也逐渐揭开了“死武专”背后的真相。