樱田纯是一个对生活毫无热情、整日沉迷于网购的颓废少年。某天，他收到了一封神秘的信，信上只有两个选项：“上发条”和“不上发条”。出于好奇，他选择了“上发条”，随后一个神秘的皮箱出现在他的房间中。箱子里装着一个名为真红的美丽人偶少女。纯很快发现，真红并非普通的人偶，而是“蔷薇少女”之一。原来，百年前，人偶制造技术因“蔷薇圣母”的发现而突飞猛进，七位拥有自我意识的蔷薇少女因此诞生。她们的创造者希望选出最完美的人偶——爱丽丝，于是少女们展开了争夺蔷薇圣母的残酷战争。作为真红的新主人，纯被卷入这场充满危险与奇幻的争斗中，开始了一段惊险的冒险旅程。