20世纪末，世界各地的天才少年组成了一个名为炼金之星的组织，其成员之一的高山我梦，作为XIG的一员，靠大地给予的红光变身成盖亚·奥特曼后，投入了同CRISIS计算机所预测到的根源性灭亡招来体进行的誓死决战。另一方面，已脱离炼金之星的藤宫博也坚定地认为，对于地球而言，人类才是真正的癌细胞。他凭着蓝光的力量变身为阿古茹·奥特曼，试图消灭人类以拯救地球。两位奥特曼的理念截然不同，彼此间的冲突不断升级。在对抗根源性灭亡招来体的过程中，我梦和藤宫逐渐认识到彼此的目标其实是一致的，最终联手共同守护地球。他们与XIG的队员们一起，面对来自宇宙的威胁，展开了一场惊心动魄的战斗。