《宝可梦太阳月亮》讲述了小智和皮卡丘来到阿罗拉地区展开的全新冒险。阿罗拉地区由多个岛屿组成，充满了独特的宝可梦和文化。小智在这里结识了新的伙伴莉莉艾、卡奇和玛奥，并一起在宝可梦学校学习。他们共同面对各种挑战，包括与当地的守护神宝可梦相遇，以及对抗邪恶组织“骷髅队”的阴谋。小智还参加了阿罗拉地区的“诸岛巡礼”，通过与岛屿守护神对战来提升自己的实力。在这个过程中，他与皮卡丘的羁绊更加深厚，也逐渐理解了阿罗拉地区的宝可梦文化。最终，小智在阿罗拉联盟大赛中展现出强大的实力，朝着成为宝可梦大师的目标不断迈进。