《湮灭》讲述了生物学家莉娜（娜塔莉·波特曼饰）的丈夫凯恩（奥斯卡·伊萨克饰）在执行秘密任务后失踪一年，突然回到家中，但行为异常且生命垂危。在前往医院的路上，他们被军事小组拦截。莉娜醒来后发现自己与文崔斯博士（詹妮弗·杰森·李饰）在一起，得知一种名为“微光”的神秘能量从黑水国家公园传出，三年前的光脉冲引发了这一现象。微光正在缓慢扩散，但其本质和起源仍不明。莉娜志愿与其他三名专家队员一同进入被限禁的区域，调查失踪队员的命运以及微光对人类的影响。她们在探索过程中遭遇了超自然现象和基因突变，逐渐揭开了微光的惊人真相。